První bratři řádu sv. Františka přišli do města 23. listopadu roku 1666 pod vedením brněnského kvardiána P. Patricia Palleta. V roce 1674 městská rada františkánům přenechala k užívání malý renesanční hřbitovní kostelík Nejsvětější Trojice vystavěný v letech 1597–1599 stavitelem Carlem Valmadim a zároveň povolila přikoupit pozemek pro výstavbu kláštera a zřízení klášterní zahrady. Roku 1676 byla zahájena jednání se stavitelem a měšťanem Nového Města pražského Martinem Reinerem o rozšíření kostela a výstavbě kláštera. Brzy nato byla podepsána i smlouva. Stavba byla zahájena v roce 1677. Dne 27. března 1677 sloužil provinciál P. Bernard Sannig v přenechaném hřbitovním kostelíku Nejsvětější Trojice slavnostní mši a k názvu nyní již klášterního kostela přidal druhé patrocinium Neposkvrněného Početí Panny Marie. Už v roce 1678 byly na budově kláštera prováděny tesařské práce. V následujícím roce však františkánům došly peníze a stavba musela být až do roku 1680 přerušena. Ke všemu ještě stavitel Martin Reiner 22. dubna 1680 zemřel. V době začátku výstavby kláštera byl u Reinera jako polír zaměstnán mladý Wolfgang Dientzenhofer (1648–1706), který se zde se vyučil i zednickým mistrem. Ten začal s františkány jednat a nabídl dokončení stavby. Dohoda o dostavbě kláštera uzavřená mezi františkány a Dientzenhoferem byla podepsána 11. března 1681 v Praze u Panny Marie Sněžné. Podmínkou bylo pouze dodržení původních Reinerových plánů. Se stavbou se ale pokračovalo až v roce 1683, kdy byly dokončeny klenby a odvodnění budovy. V následujícím roce byl klášter dokončen. Dne 8. srpna 1684 byli františkáni za velké slávy do kláštera uvedeni P. Bernardem Sannigem, který objekt vysvětil a předal do správy P. Rudolfu Vavrovskému. V roce 1685 byl klášterní kostel rozšířen o kapli Bolestné Panny Marie. Základní kámen položil P. Vavrovský 22. července 1685 a náklady na výstavbu ve výši 300 zlatých uhradil příznivec řádu františkánů a úředník na panství Vlčice Matěj Řehoř Hošenský. Hrobka rodiny Hošínských se nachází v podzemních prostorách kaple. Kromě této hrobky se v podzemí klášterního kostela nachází ještě hrobka příslušníků rodu Lamboyů. Zde je pochován majitel panství Vilém Lamboy (zemř. 1659 na zámku v Dymokurech), jeho manželka Sibylla Lamboyová (zemř. 1687), jejich syn Jan Lambert (zemř. 1669) a vnuk Jan Maxmilián. V kryptě jsou dále uloženy ostatky 72 řádových bratří františkánů, z nichž poslední, P. Cletus Dittrich, zde byl pohřben 27. listopadu 1780. Třetí hrobka se nachází na epištolní straně starého kostelíka a nese jméno Hoffmanova. Byla zřízena na příkaz purkmistra Johanna Hoffmana pro významné měšťany Hostinného.

V roce 1686 byla dokončena klauzura konventu a knihovna. O rok později byla postavena zeď kolem zahrady kláštera se slepými arkádami. V roce 1693 byly do věže kostela umístěny tři zvony se jmény Marie, František a Antonín.

Postupem času kostel přestal svojí kapacitou vyhovovat a bylo rozhodnuto o jeho rozšíření. Do vnitřku kostela se v té době vešlo sotva 200 osob. Dne 13. srpna roku 1744 byly zahájeny stavební práce na rozšíření kostela přístavbou druhé kostelní lodi. Stavební činnost trvala až do roku 1748, kdy byl dokončen unikátní dvoulodní kostel. Zde se po následujících více jak 200 let odehrávala hlavní část slavné pouti Porciunkule. Přístavbou kostela se františkáni dostali do velikých dluhů, protože všechna vydání byla hrazena pouze z almužen. Každá loď má pět klenbových polí a svůj vlastní vchod, který byl v minulosti opatřen kamennou předsíní s trojími dveřmi. Ve staré lodi kostela byl umístěn oltář Neposkvrněného početí Panny Marie a do nové lodi byl v roce 1753 pořízen oltář sv. Petra z Alcantary.

V době reforem císaře Josefa II. byl roku 1785 klášter v Hostinném zrušen. Tehdy konvent obývalo 22 duchovních a 5 laických bratří. Do Prahy byla odvezena klášterní knihovna čítající 2 437 svazků, cenné rukopisy a obrazy. Nic z toho se již zpět do Hostinného nevrátilo. O čtyři roky později si františkáni prosadili jeho obnovení. Pomohl jim především argument, že v konventu od roku 1688 provozovali lékárnu a od roku 1728 klášterní nemocnici pro chudé.

V roce 1810 byly kostel i klášter poškozeny silnou bouří s vichřicí. Roku 1830 byl na sanktusníkovou věžičku kostela umístěn pozlacený znak řádu františkánů. Za prusko-rakouské války v roce 1866 bylo v prostorách kláštera ošetřováno na 5 000 raněných vojáků, z nichž tu několik zemřelo a jsou zde pochováni. Klášterní kostel byl opravován v letech 1911, 1912 a 1923.

V dubnu roku 1950 byl františkánský klášter v Hostinném vládou zrušen. Kvardián byl uvězněn v internačním táboře Želiv a zbývající bratři převezeni do kláštera v Hejnici. Poté klášter sloužil jako sklad obuvi a v klášterním kostele byla uskladněna celulóza. V letech 1967–1969 proběhla rekonstrukce objektu kostela a v jeho prostorách byla umístěna stálá expozice sbírky antických plastik z majetku Karlovy univerzity v Praze.

Po politickém převratu v listopadu roku 1989 byl areál františkánského kláštera v Hostinném vrácen řádu františkánů. V roce 2007 odkoupilo františkánský klášter do svého majetku město Hostinné. V letech 2004–2009 byla postupně provedena celková oprava klášterního kostela Neposkvrněného početí Panny Marie za spolufinancování města Hostinné a Ministerstva kultury ČR. V letech 2009–2011 byla provedena celková rekonstrukce klášterního konventu a klášterní zahrady z prostředků Regionálního operačního programu NUTC II severovýchod v hodnotě 50 milionů korun. V přízemí konventu se nachází moderní městská knihovna a v prostoru prvního patra je nainstalovaná expozice městského muzea.